東城光學(xué)顯微鏡用法清華生命研究所陳祝成和李學(xué)明
作者: 發(fā)布時(shí)間:2022-07-02 17:30:51點(diǎn)擊:1845
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4月22日,清華大學(xué)生命科學(xué)院陳祝成和李學(xué)明在《自然》雜志上發(fā)表了一篇題為Snf2-核小體復(fù)合體結(jié)構(gòu)揭示染色質(zhì)重塑的機(jī)制的研究論文。描述了SNF2蛋白對(duì)底物核小體的NDN模式和染色質(zhì)重塑的機(jī)制。
在真核細(xì)胞中,DNA圍繞著組蛋白八聚體形成染色質(zhì)的基本單位核小體,染色質(zhì)在包裝和保護(hù)遺傳物質(zhì)中起著重要作用,但染色質(zhì)的形成對(duì)細(xì)胞的某些生理過(guò)程,如DNA的復(fù)制也有很大的障礙。SWISNF家族染色質(zhì)重塑蛋白復(fù)合物利用ATP水解的能量調(diào)節(jié)染色質(zhì)結(jié)構(gòu),廣泛參與干細(xì)胞分化、重編程、免疫應(yīng)答、學(xué)習(xí)記憶、腫瘤和o的調(diào)節(jié)。染色質(zhì)重塑復(fù)合物從酵母到人類都是保守的,但其功能的分子機(jī)制尚不清楚,這是染色質(zhì)生物學(xué)領(lǐng)域長(zhǎng)期存在的基本問(wèn)題。
本文分析了Snf2蛋白的基態(tài)晶體結(jié)構(gòu),并闡明了Snf2自抑制的機(jī)制。目前國(guó)際上其他研究小組確定的與核小體結(jié)合的染色質(zhì)重塑復(fù)合物的分辨率約為20A。核小體的結(jié)合位置只能從它們的輪廓和空間大小來(lái)推斷。蛋白質(zhì)如何與底物核小體相互作用以及蛋白質(zhì)如何相互作用等其他生物學(xué)問(wèn)題尚無(wú)法解決,如何利用ATP水解的能量改變核小體結(jié)構(gòu)尚不清楚。
本研究采用單粒子冷凍電子顯微鏡(TEM)技術(shù)成功地獲得了分辨率為4.69A的Snf2-核小體復(fù)合物,通過(guò)比較Snf2蛋白的晶體結(jié)構(gòu)和復(fù)合物的電子顯微結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)S.nf2蛋白與核小體結(jié)合,兩個(gè)主要結(jié)構(gòu)域(核1和核2)之間的旋轉(zhuǎn)大約為80度。這種巨大的構(gòu)象變化創(chuàng)造了一個(gè)由SuppH螺旋和Brace螺旋介導(dǎo)的新界面,將結(jié)構(gòu)元素I和VI聚集在一起,從而揭示了wh的作用機(jī)制。ich核小體可以激活Snf2蛋白的ATPase活性(圖2)。不同于先前被認(rèn)為是在DNA和組蛋白之間插入功能的模型,Snf2主要通過(guò)許多保守的螺旋酶結(jié)構(gòu)元件和核小體DNA的磷酸化骨架結(jié)合,其中l(wèi)so解釋了染色質(zhì)重塑復(fù)合物與DNA結(jié)合的序列非特異性,揭示了一種新的染色質(zhì)重塑蛋白與底物結(jié)合的機(jī)制(圖.C)。染色質(zhì)重塑與文獻(xiàn)中的染色質(zhì)重塑的DNA波模型相一致(圖e)。本研究闡明了種與基質(zhì)核小體結(jié)合的染色質(zhì)重塑蛋白的高分辨率結(jié)構(gòu),并揭示了染色質(zhì)重塑的機(jī)制。
本文作者是清華大學(xué)生命科學(xué)院的陳祝成和李學(xué)明,清華大學(xué)生命科學(xué)院的博士生劉曉宇、李梅靜和夏賢,合著者為《蛋白質(zhì)科學(xué)》。e Research(北京)設(shè)施,清華大學(xué)冷凍電子顯微鏡平臺(tái),為數(shù)據(jù)采集提供支持,清華大學(xué)高性能計(jì)算平臺(tái)為數(shù)據(jù)處理提供支持。生物學(xué)、清華北京大學(xué)生命科學(xué)聯(lián)合中心、科學(xué)技術(shù)部、自然科學(xué)基金委員會(huì)和中央青年千人計(jì)劃。
Snf2-核小體復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和染色質(zhì)重塑機(jī)制。(a)關(guān)于Snf2-核小體復(fù)合物的電子顯微結(jié)構(gòu)的兩種不同觀點(diǎn):虛線擴(kuò)增和重新分析;(b)激活的Snf2結(jié)構(gòu);(c)Snf2-DNA相互作用;(d)基于結(jié)構(gòu)的Snf2作用。活性分析(左,ATP水解活性;右,染色質(zhì)重塑活性);和(e)Snf2染色質(zhì)重量在塑性機(jī)理模型中,雙箭頭(左)表示Snf2兩個(gè)主要結(jié)構(gòu)域的相對(duì)運(yùn)動(dòng)方向,單箭頭(右)表示DNA波的方向。(F)染色質(zhì)重塑團(tuán)隊(duì)(左前:夏賢,劉曉宇,李美靜;后排:李雪明,陳竹成)。
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