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大部分的裸藻生活在淡水，少部分生活在土壤或潮濕物體的表面，或某些動物的消化道。
它們很像植物，有許多種裸藻有葉綠素，會行光合作用；它們也很像動物，沒有細胞壁，很活躍。有些種類的裸藻缺乏葉綠體，是異營性的，
像動物。
裸藻的色素(葉綠素a、b和胡蘿蔔素)類似綠藻和陸上植物色素，跟絕大部份的藻類不同；但是裸藻的葉綠素有三層細胞膜，跟綠藻和陸上植物的葉綠素有二層膜不同。
裸藻跟鞭毛蟲有近親關系，它們在各方面都十分相似，只有一點不同，裸藻有葉綠體。一般認為，裸藻是從鞭毛蟲演化而來的，后來吸收了能行光合作用的原核生物，也就是葉綠體。
裸藻Euglena，長卵型細胞，頂端凹處長出一個很長的鞭毛。因為細胞沒有細胞壁，所以很有彈性，游泳的時候外型會有些扭曲改變。
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